a brilliant donut

医療を中心とした、話題を。いつか、どこかで、誰かの役にたてば幸いです。

統計解析ソフトEZR 〜ロジスティック回帰分析の実例@mac〜

EZRを使用して統計解析を行なってみました

 

今回は時間が取れず、参考書籍等に目を通すことができませんでした

  

ビギナーでもあり、戸惑うことも多く、インターネット等からも情報を収集しながら、何とか検定することができました(統計初心者であり、真に正しいかはわかりません。。)

 

ただ、フリーソフトで精度が高い解析ができるのはすばらしいと思います

感謝です

 

誰かのお役に立てれば幸いです

(注)Mac OS high sierra ver10.13.6で行っています)

 

要点は

・ダウンロード〜起動までも一工夫あり

・解析を行う「コマンダー」画面の表示がしばしばネット上で

 みられるのと相違あり?

・解析モデルの選択も不勉強にて、見慣れない言葉が多数

・オッズ比・95%CIの出し方も一工夫あり

です

 

❶EZRをダウンロードすると、

「Finder」→「アプリケーション」に「R」が出現しますので、ダブルクリック

 すると、下のようなコンソール画面が立ち上がります

f:id:abrilliantdonut:20181127095521g:plain

❷ここに「library(Rcmdr)」を入力し、Enterを行いますと

 以下のような画面が出現し、

f:id:abrilliantdonut:20181127095500g:plain

その後、コマンダーが起動

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*EZRを解説されておられる、多くのHPでは上記と異なった表示のコマンダーであることが多くて、最初はここでつまずきました;;

つづきまして、元ネタであるデータのコピーにとりかかります

 多くがそうだと思いますが、本例でもエクセルでデータ編集をしております

 ので、エクセルデータをコピーします

 「縦に項目をならべて」「空白を残さないように」行っています

(ちなみに今回は

 目的:糖尿病網膜症の眼底検査中断率に対して、網膜症病期の影響を確認

 解析:年齢・性別・HbA1cインスリン使用の有無を含む多変量解析

    それぞれを二分して二値変数(yes-no,0-1)でのロジスティック回帰分析

で行なっています)

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 コピーしたデータを読み込みます

「データ」「データのインポート」「テキストファイルまたは・・・」

f:id:abrilliantdonut:20181127095851g:plain

 

すると下のような表示が出現しますので、

f:id:abrilliantdonut:20181127095912g:plain

データ名・場所・記号を変更します(今回は中断率withdrawとしました)

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注)「タブ」を選ばないと、列が正しく認識されないようです

 

OKをおすと、このような表示が出現します

f:id:abrilliantdonut:20181127095953g:plain

*ここで試しに「データセットを表示」をクリックするとこのようになっています

(上に示したエクセルデータとほぼ同じ表がみられます)

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ここで、EZRでは、

 ・数字=連続変数

 ・文字=名義変数(因子)

 として扱うようなので、上記0,1を名義変数と認識されるように入力します

(すなわち、今回のデータの0-1は二値のYes/No(例)中断あり・中断なし)の意味合いであり、数字の0,1の意味合いではないからです)

 

 「データ」「アクティブデータセット内の」「連続変数を因子に変換」とすると

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このような画面がでてきます

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今回はすべて名義変数として指定したいので、

「変数で全てを選択」し

「因子水準は数値で」とします

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ここで、上書きしますかをYESとすると・・・

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注)これは上記、因子に変換において、「新しい変数名または・・・」 のところが、〈変数名と同じ〉になっているからで、別にすれば、上書きにはならないのだと思われます。

 

このように出力部分に「因子(Factors)」として出力されます

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いよいよ、解析となりますが、ここで「アウトカムが」

 連続変数線形回帰

 二値変数一般化線型モデル

 三値以上の変数(青・赤・黄など)多項ロジットモデル

 三値以上の順序変数(軽症・中等症・重症など)順序回帰

 を選択し、ロジスティック回帰分析を行うようです。

(統計初心者としてはここも見慣れない表現のため、戸惑いました;;)

 

 今回は二値変数のため、一般化線型モデルを選択しますので、

 「統計量」「モデルへの変換」「一般化線型モデル」

 を選択します

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すると、一般化線型モデルの画面が出現します

 f:id:abrilliantdonut:20181127101033g:plain

 

ここで、

 リンク関数族=binomial

 リンク関数=logit

(これがロジスティック回帰分析を行う際の選択らしいです)

とし、

スプライン/多項式の下の部分に

左の空白=目的変数であり、左の空白を選択し、(今回はwithdraw)をダブルクリック

右の空白=それ以外の独立変数であり、右の空白を選択し、全てをダブルクリック

すると、空白に変数が記載されます

 f:id:abrilliantdonut:20181127101052g:plain

 

OKをすれば、このように解析結果が出力されます

 f:id:abrilliantdonut:20181127101107g:plain

 

解析結果をさらに述べてみます

p値)

一番右側がp値であり、その値が各々の有意水準を超えている場合に*が記されます

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OR)さらに、その下に以下のようにオッズ比が表示されます(上のRコマンダー出力画面を下に進むと表示されています)

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*ちなみに、表示されない場合は、上記のEstimatelog値のORであるため、

 「スクリプトexp(    )を入力し、反転指定した上で、実行する」

 とORが下のように出力されます

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95%CI)これは、式を入力する必要があり、

スクリプトexpestimateの値± 1.96*Std.Error)を入力、反転指定した上で実行」を行うと、下のように出力されます

(*は乗法です。これはあまり記載がみあたらず、新谷歩先生のyou tube動画を拝見し、確認できました;;ありがとうございました)

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以上、EZRを用いた「アウトカムが二値変数の場合の一般化線型モデルでの多変量ロジスティック回帰分析」の実例でした。

 

(ちなみに、本例では

 ・眼底検査受診率の中断に関して、網膜症病期の関連を調べたところ、

 ・病期が軽い(網膜症がない)と中断率が多く認められた(統計学的有意性あり)

 ・年齢・性別・HbA1cインスリン使用の有無を含めて二値変数として、多ロジスティック回帰分析を行なったところ、それらで補正後も統計学的有意性は認められた

 ・ちなみに、インスリン使用の有無も統計学的優位性を認めた(インスリン不使用者では中断率が多い)

 との統計学的結論をもちました)

 

文字ばかりですみません

 

上記は、以下を主に参考にさせていただきました

https://www.youtube.com/watch?v=8oTxIipx_u4

https://haru-reha.com/ezr-logistic-regression-analysis/

 

統計解析ソフト〜EZR〜

統計を行う機会があったのでそこで得たことを記載します

 

(有料)SAS、JMP、SPSS

 

(無料)R(EZR)

 

有料のものは精度が高く、

大規模試験で使用されているものがあるようですが、

 

普段使いしない場合は費用対効果としてなかなか手を出しにくいのが現実です

 

R(EZR)は、フリーソフトで、精度が高く、論文にも数多く引用されており

 

今回はそちらを使いました

Bone Marrow Transplantation 2013: 48, 452–458

 

下記のHPからアプローチできます(ダウンロード方法、使用法などの記載もあります。関連書籍も販売されているようです。)

http://www.jichi.ac.jp/saitama-sct/SaitamaHP.files/statmed.html

 

ひるごはん 一息ついて うぉーきんぐ

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糖尿病の運動療法では、血糖値と運動のタイミングとの関連も研究されています

 

想像の通りと思いますが、

 

食後の運動が、血糖値を改善することは報告にもあるところです

Diabetes res clin pract 58:11-18,2002

J Appl Physiol (1985). 2015 Mar 1;118(5):624-34.

 

今回はそんな川柳をつくってみました

便秘薬の使い方

ここでは、便秘薬、いわゆる下剤について記載したいと思います

 

日々、診療を行っていると、しばしば聞かれる疑問や、臨床的に大切なポイントが浮かび上がってきます

 

患者さん目線で、あくまで個人的な経験に基づいてですが、まとめてみました

 

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参考文献)

NEJM 2003;349:1360-8

日老医誌Vol.48 2011 No.3 P263-270

Palliative Care Res 2012;7(2):202-8

J Clin Gastoenterol.45(6):483-487,2011

Gastrointestinal Disease,SLACK information, NJ,2002

 

血糖値とHbA1cの関係は?

さて、まずは月単位の血糖値の変化の例をみてみましょう

 

ここでは、あくまで細かい変化は省略して、大きなトレンドとして一例を示しました

 

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このような経過の臨床的な具体的エピソードとしては、

・春頃は比較的安定

・6月頃から外食が多くなった

・それを契機に血糖値が上昇

・その後、外食を控えるようになり

・8月以降は改善してきた

というようなものが挙げられるでしょうか

 

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さて、この時の血糖値の変化と、同時にHbA1cの変化のイメージを示します

(これはあくまでイメージしやすいように図示したものであり、

 数値やトレンドの科学的な正確性に関してはご了承いただけると幸いです)

 

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そして、血糖値とHbA1cの上昇、低下をよりわかりやすく示すと以下のようになります

 

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この図をみて、わかることは

・血糖値とHbA1cの変化に”ズレ”がある

・血糖値とHbA1cの数値の大きさ、単位が異なる

ということでしょうか

 

HbA1cはおよそ過去2、3ヶ月間程度の平均的な血糖値を示すといわれますが、このような図を提示するとよりイメージがしやすくなるかもしれません

 

また、数字がもつ視覚的・イメージ的なインパクトが影響しやすい患者さん

(3桁(例えば、300mg/dl(血糖値))は気になるが、2桁(例えば 10%(HbA1c))は気にならない)

もおられるので、そのあたりにも注目するのも大切かもしれません

 

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ゆうしょくが やしょくになっては いませんか

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夕食を遅くすると、体重や血糖値には影響すると言われています

  

さて、夕食と夜食

 

この違いは何でしょうか?

 

特別な言葉の定義は現時点ではされていないようですが、夜食は

・夕食の後に食べる食事

・夜遅くに食べる食事

を指しているようです

 

いずれにしても、寝る時間に近しい食事には注意するのがよさそうです

 

夕食が、実は遅くなって、いわゆる夜食の時間にとっている

 

なんてことはありませんか?

 

夕食と夜食の違いを意識するのも大切かもしれませんね

 

くれぐれも、遅い時間に食べ過ぎないように気をつけましょう

 

https://www.jstage.jst.go.jp/article/kenkokyoiku/25/3/25_151/_pdf

https://www.jstage.jst.go.jp/article/kenkokyoiku/24/4/24_205/_pdf

https://www.e-healthnet.mhlw.go.jp/information/metabolic/m-02-004.html